Covid-19 naujų patvirtintų atvejų klasterinė analizė pagal Lietuvos savivaldybių savaitinius duomenis

Analizuojamų duomenų aibė sudaryta iš kasdieninių naujų patvirtintų atvejų per savaitę kiekvienoje savivaldybėje, papildomai įtraukiant ir atitinkamų savivaldybių populiacijos tankį (naudojami santykiniai dydžiai 100 000 gyventojų).
Duomenys atnaujinami kiekvieną savaitę ketvirtadieniais 13-14 valandą.
Klasterizavimo rezultatai vizualizuoti dviem būdais:

1. SOM+MDS. MDS metodo tikslas –  surasti daugiamačių duomenų projekcijas mažesnės dimensijos erdvėje (pvz. plokštumoje), išlaikant atstumų tarp visų daugiamatės erdvės taškų ir jų projekcijų plokštumoje santykius. Čia vizualizuojant tiriamus duomenis ta pačia spalva žymimos savivaldybės patekusios į vieną klasterį. Klasterizavimas atliktas naudojant saviorganizuojantį neuroninį tinklą SOM[2×2].

1 pav. Savaitinių naujų patvirtintų atvejų pagal savivaldybes klasterizavimo rezultatų
vizualizavimas (SOM+MDS): priešpaskutinės savaitės duomenys.
2 pav. Savaitinių naujų patvirtintų atvejų pagal savivaldybes klasterizavimo rezultatų
vizualizavimas (SOM+MDS): paskutinės savaitės duomenys.

2. SOM+t-SNE. T-SNE metodo tikslas –  mažesnės dimensijos erdvėje išlaikyti  kuo tikslesnį taškų  pasiskirstymą atitinkantį daugiamatės erdvės taškų pasiskirstymą. t-SNE siekia išsaugoti kiekvieno taško kaimynus.  Vizualizuojant tiriamus duomenis ta pačia spalva žymimos savivaldybės patekusios į vieną klasterį. Klasterizavimas atliktas naudojant saviorganizuojantį neuroninį tinklą SOM[2×2].

3 pav. Savaitinių naujų patvirtintų atvejų pagal savivaldybes klasterizavimo rezultatų
vizualizavimas (SOM+t-SNE): priešpaskutinės savaitės duomenys.
4 pav. Savaitinių naujų patvirtintų atvejų pagal savivaldybes klasterizavimo rezultatų
vizualizavimas (SOM+t-SNE): paskutinės savaitės duomenys.

Archyve kaupiami savivaldybių savaitiniai klasterizavimo rezultatai nuo 2020.03.12 d.
Agreguoti duomenys paruošti remiantis duomenų šaltiniu https://data.gov.lt/dataset/covid-19-epidemiologiniai-duomenys