COVID-19 testų duomenų šaltinių apžvalga

Pavasarį testavimo duomenis skelbė tik keletas šalių. Šiuo metu testavimo duomenis skelbia įvairios šalys, atliekama teigiamų atvejų dinamikos analizė atsižvelgiant į atliktų testų skaičių. Johns Hopkins universiteto tinklapyje [1] pateikiama atliktų testų, teigiamų atvejų dalies ir jų dinamikos vizualizaciją pagal valstijas (žr. 1 pav.).

1 pav. Johns Hopkins universiteto tinklapis. COVID-19 duomenų vizualizacija

Tinklapyje „Our World in Data“ [2] pateikiami duomenys ir informacija apie testavimo įvairiose šalyse apimtis ir duomenų vizualizacijos įvairiais pjūviais, pvz. teigiamų testų dalis (žr. 2 pav.); testų, tenkančių 1 000 gyventojų skaičius (žr. 3 pav.); sąryšis tarp testų, tenkančių 1 000 gyventojų ir BVP vienam gyventojui (žr. 4 pav.). Grafikuose galima uždėti filtrą, t.y. pasirinkti dominančias šalis; pasirinkti vizualizavimo būdą: žemėlapį arba grafiką. Galima atsisiųsti duomenis, kurie buvo naudojami sudarant tinklapyje pateiktas vizualizacijas. 

2 pav. Teigiamų testų dalis

2 pav. matome, kad Lietuva lapkričio mėnesį peržengė 10 proc. ribą. Latvija ir Estija antros bangos metu iki lapkričio 16 d. dar nėra peržengusios 10 proc. ribos. Iš grafiko matome, kad Lietuvos neigiamų testų dalies dinamika labai panaši į Graikijos.

3 pav. Testų, tenkančių 1 000 gyventojų skaičius

3 pav. matome, kiek testų atliekama. Reikia atkreipti dėmesį, kad ne visos šalys skelbia tokią pačių informaciją, pvz. Lietuvos atveju pateikiamas ištirtų mėginių skaičius, o Norvegijos atveju  – testuotų žmonių skaičius.

4 pav. Sąryšis tarp testų, tenkančių 1 000 gyventojų ir BVP vienam gyventojui

4 pav. vizualizuojamas sąryšis tarp testų, tenkančių 1 000 gyventojų ir GDP vienam gyventojui. Pastebima tendencija, kad šalys, kuriose BVP vienam gyventojui didesnis, atlieka daugiau testų (1 tūkst. gyv.).
Tinklapyje „Our World in Data“ [2] taip pat pateikiama nuoroda į Hasell et.al [3] straipsnį , kuriama aprašoma COVID-19 testavimo duomenų bazė. Straipsnyje pateikiama nuorodą į šaltinį [4], iš kurio galima atsisiųsti duomenis. Ši DB apima oficialius 94 šalių testavimo duomenis, duomenys reguliariai atnaujinami. Susideda iš dviejų dalių: dieninis ir sukauptasis atliktų testų skaičius (arba testuotų žmonių skaičius); taip pat tam tikri išvestiniai rodikliai; metaduomenys, apimantys detalų duomenų šaltinių aprašymą.

Lietuvos COVID-19 testų duomenų šaltinių apžvalga

Lietuvos duomenys skelbiami Sveikatos apsaugos ministerijos tinklapyje [5], bet tik vienos dienos, be istorijos. MIFKOR projekto apimtimi duomenys nuskaitomi, kaupiami ir analizuojami [6]. 5 pav. pateikta teigiamų testų dalis. Galima pastebėti gana nemažus svyravimus, atsirandančius dėl savaitės dienų įtakos. Šiame paveiksle taip pateiktas septynių dienų vidurkis, išryškinantis dinamiką.

5 pav. Teigiamų testų dalis (dieniniai duomenys) ir septynių dienų vidurkis

6 pav. pateikta teigiamų testų dalis nagrinėjant suminius savaitės duomenis. Matome, kad spalio mėn. antroje pusėje yra staigus padidėjimas. Paskutinių dviejų savaičių (2020.11.02-11.08 ir 2020.11.09-11.15) teigiamų testų dalis yra panaši.

6 pav. Teigiamų testų dalis imant suminius savaitės duomenis
Išvados
  1. Lyginant su 2019 pavasariu turima žymiai išsamesnė informacija apie testavimo apimtis įvairiose šalyse.
  2. Šalyse testavimo strategijos skiriasi, tačiau galima stebėti bendras viruso plitimo tendencijas įvairiose šalyse.
  3. Jeigu stebimas staigus teigiamų testų dalies padidėjimas, situacija blogėja ir reikia imtis priemonių, o jeigu skaičiai panašūs, situacija stabilizavosi. Lietuvos atveju spalio mėn. antroje pusėje stebimas staigus kilimas, tačiau įvedus griežtesnius karantino ribojimus, paskutinių dviejų savaičių rezultatai keičiasi nežymiai. Vis dėlto reikėtų ilgesnio laikotarpio, kad galėtume daryti išvadas apie situacijos suvaldymą.    
Šaltiniai

[1] Johns Hopkins universiteto tinklapis  https://coronavirus.jhu.edu/testing/tracker/overview

[2] Tinklapis „Our World in Data“  https://ourworldindata.org/coronavirus-testing

[3] Hasell, J., Mathieu, E., Beltekian, D. et al. A cross-country database of COVID-19 testing. Sci Data 7, 345 (2020)    https://www.nature.com/articles/s41597-020-00688-8

[4] COVID-19 testavimo duomenų bazė (DB)

https://github.com/owid/covid-19-ata/tree/master/scripts/scripts/testing

[5] Lietuvos duomenys skelbiami Sveikatos apsaugos ministerijos tinklapyje   https://sam.lrv.lt/koronavirusas

[6] MIFKOR projekto tinklapis http://www.covid19.projektas.vu.lt/